Thiệt hại mà các lực lượng tấn công của Đức phải chịu trong chiến dịch này thấp đến bất ngờ. Trong 12 ngày chiến đấu tổng số thương vong là 558 người: 151 chết, 392 bị thương và 15 mất tích. Như trong cuộc tiến quân của Quân đoàn Thiết giáp số 41 vào Beograd, sĩ quan duy nhất tử trận là nạn nhân của một viên đạn do thường dân bắn tỉa. Luftwaffe mất xấp xỉ 60 máy bay bị bắn hạ trên bầu trời Nam Tư, với ít nhất 70 phi hành đoàn thiệt mạng. Lục quân Ý đã phải chịu thiệt hại nặng tại miền bắc Albania do chiến dịch tấn công của Nam Tư tại đây[27], trong đó không quân Ý bị thiệt xấp xỉ 10 máy bay bị bắn rơi và 22 chiếc khác bị thương. Lục quân Hungary bị thương vong khoảng 350 người (120 chết, 223 bị thương và 13 mất tích) do các cuộc pháo kích của thủy quân Nam Tư bố trí tại vùng biên giới và trong cuộc tấn công lực lượng biên phòng Nam Tư ở Vojvodina,[63] với một số lính dù tương đương 1/4 tiểu đoàn Hungary gặp tai nạn khi một máy bay vận tải chở theo 30 lính bị rơi ngày 12 tháng 4.[90] Người Hungary còn mất 5 máy bay tiêm kích Fiat và một máy bay trinh sát Weiss WM-21 Sólyom trong cuộc chiến.[91]

Quân Đức bắt được từ 254.000 đến 345.000 tù binh Nam Tư, trong đó bao gồm một số lượng đáng kể người thuộc dân tộc Croatia, Đức và Hungary bị ép đi lính cho Lục quân Nam Tư và họ đã nhanh chóng được phóng thích sau khi sàng lọc, ngoài ra quân Ý cũng bắt được thêm 30.000 tù binh nữa.[92][93]

Khoảng 1.000 lục quân và hàng trăm nhân viên thuộc Không quân Hoàng gia Nam Tư (trong đó có một đơn vị phân xưởng cơ động với 6 xe cộ) đã trốn thoát qua Hy Lạp để đến Ai Cập.[94]

Trong cuộc chiến đấu ngắn ngủi của mình, Không quân Hoàng gia Nam Tư đã mất 49 máy bay do lực lượng tiêm kích và phòng không của phe Trục, với nhiều hư hỏng không thể sửa chữa. Ngoài ra còn có 27 phi công tiêm kích và 76 phi hành đoàn ném bom thiệt mạng. Thêm 85 máy bay bị phá hủy trên mặt đất do bị không kích, cùng với nhiều chiếc khác bị tiêu diệt hoặc vô hiệu hóa do chính phi hành đoàn của mình, hay bị rơi trong quá trình chiến đấu hoặc di tản.

Bất chấp những thiệt hại này, hơn 70 máy bay Nam Tư đã trốn thoát được sang lãnh thổ của Đồng Minh, chủ yếu là Hy Lạp, riêng 8 máy bay ném bom Dornier và Savoia Marchetti đã chạy sang Liên Xô và có 4 chiếc được an toàn. Hàng chục máy bay trốn thoát được đã bị phá hủy trong một cuộc oanh kích dữ dội của không quân Ý vào sân bay Paramitia tại Hy Lạp, chỉ còn lại 9 máy bay ném bom và vận tải sang được đến Ai Cập. Hơn 300 máy bay tác chiến, phụ trợ và huấn luyện đã bị chiếm giữ và chuyển giao cho lực lượng Không quân Nhà nước Độc lập Croatia mới thành lập,[6] Phần Lan, Romania và Bulgaria.

Quân Ý đã chiếm giữ phần lớn Hải quân Nam Tư (1 trong 4 khu trục hạm, chiếc "Ljubljana", được sử dụng trong chiến dịch khi còn đang sửa chữa)[85]. Tuy nhiên, có 1 khu trục hạm khác, chiếc "Zagreb", đã bị 2 sĩ quan của nó tự đánh chìm tại Kotor để ngăn không cho tàu rơi vào tay địch, và 1 tàu ngầm do Anh sản xuất cùng 2 tàu phóng ngư lôi có động cơ đã trốn thoát được sang Alexandria thuộc Ai Cập để tiếp tục phục vụ phe Đồng Minh.[95] Cũng cần chú ý rằng chiếc khu trục hạm thứ tư bị chiếm khi còn đang trong quá trình sản xuất tại xưởng tàu Kotor là chiếc "Split", nhưng Regia Marina đã không thể đóng xong nó trước hiệp định đình chiến năm 1943. Rốt cục nó cũng được trả lại cho Nam Tư sau chiến tranh và được hoàn tất với cái tên ban đầu của mình.[96] Có 10 tàu bay tuần tra hàng hải của hải quân Nam Tư đã trốn thoát sang Hy Lạp, và 9 chiếc được đưa sang Ai Cập, tại đó chúng lập thành một phi đội dưới sự chỉ huy của RAF.[97]